นพ. แอนโทนี ฟอซี มีผลงานวิจัยที่โดดเด่นในการเข้าใจกลไกการติดเชื้อไวรัสเอชไอวี โดยแสดงให้เห็นว่า เชื้อไวรัสเอชไอวี มีการแบ่งตัวในต่อมน้ำเหลืองของผู้ได้รับเชื้ออย่างต่อเนื่อง แม้ผู้ได้รับเชื้อไวรัสจะไม่แสดงอาการ แต่พบว่าจำนวนเชื้อไวรัสเอชไอวีในต่อมน้ำเหลืองมีระดับสูง ไปทำลายเซลล์เม็ดเลือดขาว CD4 ส่งผลให้ผู้ได้รับเชื้อมีภูมิคุ้มกันต่ำ เจ็บป่วยจากการติดเชื้อฉวยโอกาส ซึ่งนำไปสู่แนวคิดในการให้ยาต้านเชื้อไวรัสเอชไอวีชนิดผสมหลายตัว (HAART) ตั้งแต่ระยะแรกเพื่อควบคุมไวรัสไม่ให้แบ่งตัวอย่างมีประสิทธิภาพ ประเมินผลได้จากการตรวจวัดจำนวนเชื้อไวรัส (HIV Viral load) และจำนวนเซลล์เม็ดเลือดขาว CD 4
แรงผลักดันและแนวคิดของ ศ.นพ.เดวิด ดี. โฮ และ นพ.แอนโทนี ฟอซี เป็นที่ยอมรับอย่างแพร่หลายและเป็นมาตรฐานการรักษาผู้ได้รับเชื้อเอชไอวีในปัจจุบัน เปลี่ยนสภาพจากโรครอวันตาย มาเป็นโรคเรื้อรัง ช่วยชีวิตผู้ได้รับเชื้อเอชไอวีได้หลายสิบล้านคนทั่วโลก