ขั้นตอนการเสนอชื่อและตัดสินรางวัล

1. บุคคล คณะบุคคล หรือองค์กรใดๆ ทั่วโลกเสนอชื่อผู้สมควรได้รับรางวัลซึ่งอาจเป็นบุคคล คณะบุคคล หรือองค์กร ต่อเลขามูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลฯ โดยสามารถกรอกแบบฟอร์มการเสนอชื่อแล้วส่งมายังสำนักงานมูลนิธิฯ ได้ทั้งทางอินเตอร์เน็ตและทางไปรษณีย์
2. คณะกรรมการที่ปรึกษาทางวิชาการ กลั่นกรอง และหาข้อมูลเพิ่มเติม
3. คณะกรรมการรางวัลนานาชาติ ซึ่งประกอบด้วยผู้ทรงคุณวุฒิและมีชื่อเสียงระดับโลก พิจารณาเสนอต่อคณะกรรมการมูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลฯ
4. คณะกรรมการมูลนิธิรางวัลสมเด็จเจ้าฟ้ามหิดลฯ พิจารณาตัดสิน